牧原股份以终端消费者需求为方向建立育种体系，致力于猪肉品质的改善，为猪肉生产链各成员创造更多价值。
种猪规模：牧原股份是首批国家生猪核心育种场，截至2019年9月拥有两个国家生猪核心育种场，现存核心群基础母猪15000余头。同时，公司投入使用独立公猪站58个，场内公猪站11个，所有公猪站均采用全封闭空气过滤系统，最大限度推进遗传交流，加快遗传进展。
技术支撑：公司拥有一支30余人的专业育种研发团队。2007年开始，率先在国内开始超声波诊断仪测定背膘和眼肌面积来评估瘦肉率，并建立了猪肉质量控制实验室，完善食品安全体系，对肉色、PH、肌内脂肪、剪切力、蛋白质等指标进行持续测定。公司自有知识产权的牧原生猪育种系统，收集种猪及其后裔的生产性能、胴体性能、肉质性能表现数据后，利用国际先进的BLUP软件进行育种值的计算；并于2017年加入全国“猪基因组选择育种平台”，借助高校及科研院所的技术力量，开展分子遗传信息的研究，2019年加入农业部“优质瘦肉型猪选育联合攻关项目”，联合各大高校和企业，进行种猪智能测定技术、种猪大数据遗传评估技术、种猪种质资源分子鉴定技术等关键技术的研究。
公司饲料配方采用净能评估体系，与消化能评估体系、代谢能评估体系相比，能更准确地计算出动物的特定营养需求量；公司采用净能评估体系和真可消化氨基酸模式，精准衡量配方中有效蛋白质的含量，设计出最低蛋白日粮配方，提高了饲料的消化利用率，降低了饲料成本。
公司采用阶段性营养配方技术，根据生猪类型及不同的生长阶段，制定了精准的营养标准，运用析因法对不同阶段猪群建立营养需要动态模型，研制了专门的饲料配方。 同时，公司实现了从原料采购、饲料加工、饲料运输、自动化饲喂全过程的控制和记录，有效保证了生猪饲料的质量和安全。
